9月23日，国务院医改办相关负责人在“第九届中国医药企业家科学家投资家大会”上透露，为了推进两票制政策的落地执行，目前国务院医改办正会同国家税务总局开发票据核验系统，同时结合金税三期，提升票据管理能力，从而掌握药品流通全过程。
对于希望有效落实两票制政策的监管部门而言，税务部门的介入，或者说在国家金税三期基础上完善药品两票制的票据核验管理系统，将是一个非常有效的“杀手锏”；若从金税三期着手，则目前各地应对两票制出现的任何政策之外的变通做法都将失灵。 “更为严重的是，在金税三期基础上的两票制票据核验管理，很有可能将某些企业两票制之外的问题一并显现，对于这样的企业而言，压力不仅仅是两票制政策本身。”会议现场的某位医药行业资深专家表示。但是，这套“全天候”税查系统无疑能让企业节约票据核验带来的成本。
在讲到两票制政策执行情况时，医改办人士透露，考虑到各地由于理解上的不同而出现了一些执行上的差异，为进一步引导两票制政策在全国的有效执行，相关部门正在制定两票制政策实施细则。此前，两票制细则文件整体框架（7章41条）已经基本确认，包括支持异地设库、三种情况可开三票以及低价药、紧缺药、国家储备药品和国家规定的特殊药品可暂不执行两票制等内容均被写入。
“时隔半年，细则更多的是完善和调整两票制在执行过程中遇到的实际操作层面的问题——既要符合政策导向，又须尊重市场规律，同时也要体现企业的合理诉求，这些缺一不可。”有消息人士这样说到。
据悉，由于各地实际情况不同，正在制定中的《细则》明确提出三种情况允许开三票，经当地卫计委核准后公示，其中包括进口转国产或国产原研产品经销权（含经营及销售权、配送权）全部转移的全国总代理可视同生产企业；建立全国总代理备案制度，备案条件须同时满足经销权整体转移、合同期超3年并有特定合规、全国仅一家总代理等。
与此同时，由于两票制推进过程中的议论始终未停，关于这一制度是否会调整方向、开口子、“见好就收”等猜测一直存在。就这一问题，国务院医改办有关负责人在会上也进行了公开澄清与回应。他表示，国家高决策层三次开会强调两票制推行，可见决心之大，这个政策肯定会坚定不移地推行，“不会开口子”。当然，为了可以更好地执行，下一步将制定细化的要求。那些寄希望于政策调整或者终结的企业，目前好的办法就是对经营方式转型升级。
事实上，留给医药企业的时间已经不多。公开数据显示，在执行两票制政策多年的福建省，药品流通配送商数量已由2012年的176家减少到2016年的40家，77%的配送商已经“消失”——这一政策对福建医药行业特别是药品流通领域的影响巨大。当然，不同类型的企业受到的影响不同，大型药品批发流通企业受“两票制”的影响有限甚至还会因此受益，中小型药品批发企业承压明显，而以“过票”为主的中小药品流通企业则面临着被淘汰出局的处境。
